- Tiền thân của Công ty Thủy sản Mekong là Xí nghiệp Rau quả đông lạnh xuất khẩu Hậu Giang do UBND tỉnh Cần Thơ ký quyết định thành lập tháng 4/1979. Xí nghiệp hoạt động trong lĩnh vực chế biến rau quả (khóm đông lạnh) xuất khẩu sang Liên Xô và các nước Đông Âu cũ. 
- Từ năm 1001 đến năm 1996, công ty chuyển sang chế biến thủy súc sản xuất khẩu (chủ yếu là thủy sàn), do biến động chính trị ở Liên Xô và các nước Đông AAuu nên xí nghiệp ngừng sản xuất mặt hàng khóm đông lạnh xuất khẩu. 
- Từ năm 1007 đến cuối năm 2001, Xí nghiệp đổi tên thành Xí nghiệp chế biến nông sản thực phẩm Cần Thơ. 
- Ngày 26/2/2002, UBND tỉnh Cần Thơ ra quyết định số 592/QĐ-CT.UB chuyển Xí nghiệp Chế biến nông sản thực phẩm Cần Thơ thành Công ty cổ phần Thủy sản Mekong. 

 - Thu mua, gia công, chế biến, xuất nhập khẩu thủy sàn, gạo và các loại nông sản. 
- Nhập khẩu vật tư hàng hóa, máy móc thiết bị và tư liệu sản xuất phục vụ nông nghiệp nuôi trồng và chế biến thủy sản. 
- Nuôi trồng thủy sản, sản xuất thức ăn gia súc, thức ăn thủy sàn, sản xuất con giống phục vụ nuôi trồng thủy sản. 
- Nhập khẩu thức ăn gia súc, thức ăn thủy sản. 
- Nhập khẩu kinh doanh phân bón, sắt thép các loại. 
- Đầu tư tài chính, kinh doanh địa ốc, bất động sản và văn phòng cho thuê.